სსიპ საზღვაო ტრანსპორტის სააგენტო ახორციელებს სამედიცინო დაწესებულებებისა და უფლებამოსილი ექიმების შერჩევას, რომელიც გულისხმობს სააგენტოს მიერ განხორციელებულ საქმიანობას, რომლის მიზანია იმ სამედიცინო დაწესებულებისა და ექიმის გამოვლენა, რომელიც უფლებამოსილი იქნება შეაფასოს მეზღვაურის ჯანმრთელობის მდგომარეობა და გასცეს მეზღვაურის სამედიცინო მოწმობა მეზღვაურთა განათლებისა და სერტიფიცირებისა შესახებ საქართველოს კანონის თანახმად. შერჩევისა და მონიტორინგის წესი და პირობები საჯაროა: 2014 წლის 25 დეკემბრის ბრძანება #06 და 2014 წლის 26 თებერვლის ბრძანება #01