საზღვაო ტრანსპორტის სააგენტო, როგორც საზღვაო სფეროს მარეგულირებელი ორგანო, ახორციელებს საზღვაო - საწვრთნელი დაწესებულებების და მეზღვაურთა ჯანმრთელობის მდგომარეობის შემფასებელი სამედიცინო დაწესებულებების, უფლებამოსილი ექიმების და საკრუინგო კომპანიების აღიარებას.